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日本留学签证拒签率处于较低水平，拒签率会受到申请人资质、材料完整性、留学目的真实性等因素的影响。语言学校申请者拒签率略高于大学申请者。我国东北、华北地区的拒签率略高于华东、华南地区。日本对留学签证的审核遵循真实留学目的、真实经济能力、真实材料信息的三真原则，常见拒签原因包括留学目的不真实、经济能力不足以及材料问题等，因此，只要保持材料真实、逻辑自洽，成功获签的概率远高于拒签率。
日本留学签证拒签率并无固定的准确数值。
根据信息，2018 年中国申请日本留学签证的拒签率为 15.3%，2019 年下降到了 9.1%。而据一些留学机构的统计，近几年日本留学签证拒签率大致在 20% 左右。另外，2025 年有消息称由于签证政策调整、申请者背景审查严格等原因，拒签率有所上升，但并没有权威的具体数据公布。
如果已经拿到在留资格，签证成功率会在 80% 以上。不过，不同学历背景的申请者拒签率也有所差异，比如中专生去日本留学的拒签率大约在 20% 到 30% 之间。
日本留学签证续签的具体流程如下：
确认在留期限
查看在留卡上的到期日期，建议在到期前 3 个月开始准备续签事宜，最迟需在到期前 1 个月提交申请。
准备材料
必备材料：填写在留期限更新许可申请书；在留卡原件及正反面复印件；护照原件及个人信息页复印件；4.5cm×3.5cm 的白底照片，6 个月内拍摄；语言学校需提供出勤率证明（要求 80% 以上），大学或大学院需提供成绩单或修课证明；学校开具的在学证明书；资金证明，如银行存款证明（建议 20-30 万日元）、担保人收入证明或奖学金证明。
可选材料：租房合同或宿舍证明等住宿证明（部分地区要求）；学习计划书，说明续读目标；国民健康保险证复印件等健康保险证明（若需）。
填写申请表格：使用黑色或蓝色墨水笔工整填写在留期限更新许可申请书，确保所有信息真实有效，与护照、在留卡等证明材料上的信息一致，填写完毕后仔细检查。
递交申请
携带所有准备好的材料，前往居住地管辖的入国管理局窗口提交给工作人员，工作人员会进行初步审核。申请费用为 4000 日元，可通过现金或邮票支付。
等待审查结果
入国管理局的审查时间可能较长，为 2 周 - 1 个月，需耐心等待。
领取新在留卡
审查通过后，入国管理局会寄送一封明信片通知申请人。收到明信片后，携带明信片以及护照、在留卡等有效证件，按照指定的时间和地点前往入国管理局领取新的在留卡，领取时仔细核对卡片上的信息。